In einem Bericht des SWR-Magazins "Report Mainz" zur HPV-Impfung werden mögliche Nebenwirkungen suggeriert, für die es keine wissenschaftliche Evidenz gibt. Die BZgA informierte daraufhin auf Basis der aktuellen wissenschaftlichen Evidenz zur HPV-Impfung, entsprechend der HPV-Impfempfehlung der Ständigen Impfkommission (STIKO) am Robert Koch-Institut (RKI).
Die Aussage zu schweren Nebenwirkungen bezog sich dabei auf solche, die die Gesundheit nachhaltig beeinträchtigen können. In Einzelfällen treten jedoch lediglich Kopfschmerzen, Schwindel oder Müdigkeit (auch in einer schweren Form) auf. Diese Nebenwirkungen sind zudem zeitlich begrenzt.
Auch nach Einschätzung der Kommission zur Globalen Sicherheit von Impfungen (GACVS) bei der Weltgesundheitsorganisation (WHO) gilt die HPV-Impfung mit bisher weltweit verabreichten 270 Millionen Dosen (Stand 2017) als extrem sicher. Für Deutschland liegt von der STIKO seit 2007 die HPV-Impfempfehlung für Mädchen vor, seit Mitte 2018 auch die für Jungen. Die STIKO stellt ebenfalls "keine schweren unerwünschten Ereignisse nach HPV-Impfung bei Jungen bzw. Männern in den Zulassungsstudien" fest (siehe Epidemiologisches Bulletin, 28. Juni 2018, Nr. 26). Weiter heißt es: "Auch aus den zwischen 2006 und 2017 akkumulierten Daten aus der Postmarketing-Surveillance bei Frauen lässt sich schlussfolgern, dass kein erhöhtes Risiko für schwere unerwünschte Ereignisse nach HPV-Impfung besteht."
Darüber hinaus stehen die gesundheitlichen Vorteile einer Impfung zur Vermeidung von Krebsleiden den möglichen Risiken der Impfungen gegenüber. Eine aktuelle australische Studie zeigte dazu, dass hohe Impfraten in Kombination mit Screenings entscheidend dazu beitragen, z. B. dass Gebärmutterhalskrebs-Risiko nahezu vollständig zu eliminieren. Mädchen und Jungen, denen aus Überschätzung der Risiken die Impfung vorenthalten wird, haben ein nachgewiesenes höheres Risiko, im späteren Leben an bestimmten Krebsarten bzw. deren Vorstufen zu erkranken, neben dem Zervixkarzinom sind dies beispielsweise auch Analkrebs, Penis- sowie Mund- und Rachenkarzinome.